国家糖工程技术研究中心机构的设置如下图所示。中心实行理事会领导下的主任负责制，下设综合办公室、技术研发部、工程产业部、培训交流部及信息交流部。在合作单位山东保龄宝生物技术有限公司、山东龙力生物科技有限公司、山东福田药业有限公司分别建立分中心。工程技术委员会是"中心"的咨询机构，由本领域内科技、企业界的专家以及依托单位和合作单位主要工程技术骨干组成。